• L’église actuelle est la troisième à avoir été érigée à cet emplacement (3). La pose de la première pierre eut lieu en 1451. La construction commença par le chœur et le précédent bâtiment fut démoli au fur et à mesure de l’avance des travaux.
• En 1459, l’église, ses trois nefs, ses cinq chapelles - quatre au sud et une au nord - étaient édifiées. La même année elle abrite un orgue et on engage un organiste. Après certaines hésitations l’ancienne tour fut finalement rehaussée afin qu’elle surplombe le nouveau toit de l’église qui était plus haut (1)
• En 1480 l’église reçoit un nouvel orgue ainsi qu’une cloche supplémentaire.
• Il a avait en tout quatre cloches dans le nouveau clocher et, le 15 juillet 1481, la tour s’écroula dans un grand fracas. Un ouvrier charpentier tomba «mit der Gloggen herab» (avec les cloches) comme le relate le chroniqueur Benedict Rechberger. Il n’eut pourtant pas grand mal: Il s’en tira avec la clavicule gauche déboîtée.
• En 1487 la tour était remise sur pied, mais elle fut d’abord munie d’un toit provisoire. Ce n’est qu’en 1556 que l’actuelle flèche avec les encorbellements de la salle de garde et la girouette furent terminés.
• Fonts baptismaux de 1492, richement décorés et ajourés, en calcaire de Haute-rive, à l’origine dans la chapelle baptismale (première chapelle latérale sud à partir de l’ouest). Remplacés au 18e siècle par une table baptismale en bois, ne furent remis en honneur qu’en 1882 et placés dans le chœur  (1)
• Après la Réforme de 1528 l’orgue et les tableaux furent enlevés. Les tempêtes détruisirent souvent les précieux vitraux qui furent remplacés par du verre ordinaire de sorte qu’avec le temps l’église perdit de sa beauté première (1).
• Le bâtiment se situe au S. du centre de la première Ville, sur une plate-forme aménagée en partie artificiellement et qui a servi de cimetière jusqu’en 1544 (3).
• En 1781 le jubé fut démoli et les pierres incorporées à un mur de jardin dans le Pasquart. L’intérieur de l’église fut repeint et décoré de stucs rococos et classiques. De nombreux remplages furent arrachés, la rosace fut murée et les fonts baptismaux gothiques remplacés par un simple table baptismale.
• Pour la première fois depuis la Réforme l’église reçoit de nouveau un orgue en 1783.
• Au début du 19e siècle l’église était de nouveau dans un état de délabrement et d’abandon, servait de lieu de réunions politiques et on y faisait même sécher les tuyaux d’incendie (1).
• Les murs de soutènement actuels datent de 1841-1843; ils ont été réalisés d’après des plans d’Edouard Stettler, de Berne, in la suite de l’élargissement de la rue Basse. La forme de la terrasse, limitée à l’O. et à l’E. par de profondes dénivellations de terrain, détermine deux particularités de l’église: d’une part, l’obliquité et l’asymétrie de la partie occidentale provoquées par la présence de la ruelle de l’Eglise, d’autre part, la pseudo-crypte à l’E., qui a servi d’infrastructure pour l’agrandissement du chœur (3).
• En 1852 un nouvel escalier d’accès fut construit (1).
• En 1867 l’église subit une rénovation néo-gothique sous la direction de l’architecte Hans Rychner de Neuchâtel (ce dernier a également construit l’école Dufour-Ouest el l’hôpital Faubourg du Lac en 1863). Par manque d’argent une partie seulement des travaux fut accomplie: reconstruction de la façade ouest, mise en place de remplages dans les chapelles latérales sud et au portail ouest, suppression de la porte donnant sur la terrasse de l’église et mise en place d’une nouvelle fenêtre.
• Autres travaux de 1883 à 1885 (avec la participation du Professeur Rudolf Rahn de Zurich): porche en forme de chapelle devant le portail nord et mise en place de remplages dans les fenêtres et le portail au nord; jubé en mollasse à la place de tribune d’orgue en bois, le buffet d’orgue baroque est remplacé par un buffet néo-gothique, de même la chaire néo-gothique en mollasse se substitue  à la chaire baroque en bois, nouveaux sols, abaissement du sol du chœur; peinture d’intérieur laissant apparaître les décorations gothiques qui avaient été découvertes, mise en place de l’éclairage au gaz.
• Ce n’est qu’en 1892-1893 que la construction du rez-de-chaussée de la tour, avec une nouvelle voûte, fut terminée et fit office de chapelle baptismale (1).
• En 1899 et 1900 les vitraux du chœur sont restaurés et remplacés (Professeur Zemp).
• En 1911 et 1912 on doit procéder à de coûteuses améliorations des fondations qui, sous la direction  de l’architecte Propper, entraînent une plus ample rénovation. Ces travaux restituent en grande partie son aspect primitif à l’église: élimination des éléments décoratifs néo-gothiques des années 1865 à 1881, démolition de la balustrade avec contreforts décorés au portail ouest, élimination du hall d’entrée au portail nord, dégagement de la niche de l’orgue dans la partie nord de la nef centrale, des sièges sacerdotaux dans le chœur, de la niche au-dessus de la porte du chœur, de la rosace à la façade ouest, des fenêtres frontales dans la nef latérale sud, dégagement et reconstitution des peintures murales, du Moyen-âge (1).
• L’orgue nouvelle fut construit en 1943-1944 et agrandi en 1952-1953.
• Le carillon est transformé et électrifié en 1949 et, de même, l’horloge de la tour connaît une transformation avec les vieilles aiguilles gothiques marquant les heures.
• Entre 1967 et 1971 l’église fait l’objet d’une nouvelle rénovation générale, planifiée par les architectes Eduard Lanz et André Meier avec la participation du Professeur Dr. L. Mojon et du préposé cantonal à la protection des monuments H. von Fischer. Cette rénovation comprenait notamment la consolidation des fondations et des murs, de nouvelles caves, de nouveaux enduits, et une rénovation intérieure totale comprenant de nouveaux sols, le chauffage par le sol, nouvelle cheminée, aération, nouveaux sièges et éclairage. Les peintures murales et les vitraux furent rénovés, les remplages néo-gothiques du portail ouest éliminés – ce qui ne fut pas très heureux – et, du côté sud, une nouvelle annexe, servant d’entrée au chœur et le reliant à la sacristie, fut mise en place. Finalement, le parvis fut pavé (1).
• En 2011, nouvel orgue et rénovation: Sylvia Eberhardt, responsable du projet. «Le nouvel orgue doit amener de nouveaux accents tant musicaux que dans l’aménagement de l’église de la vieille ville (une basilique du gothique tardif). Quatre éléments abstraits, sveltes volumes verticaux qui s’élèvent de manière asymétrique depuis un socle qui les relie sont l’élément visible de l’orgue. D’une par la verticalité de la nef et l’asymétrie du plan de l’église sont mis en valeur. D’autre part le projet renonce à des éléments historiques mais matérialise délicatement avec le bois de chêne massif et l’or blanc, les liens avec l’environnement sacré. La rosace est en partie de nouveau visible et entoure l’instrument d’un halo de lumière colorée.  Le design relie la simplicité dépouillée de l’esthétique moderne avec les exigences et les matériaux de la facture d’orgue traditionnelle. En plus de la construction de l’orgue, des travaux de nettoyage, de rénovation et d’aménagement du bâtiment ont été réalisés. L’ancien positif dorsal de l’orgue avait nécessité une ouverture de la balustrade de tribune qu’il fallait compenser. Toutefois l’histoire de cet aménagement devait rester lisible ; c’est pourquoi il a été recherché une solution contemporaine qui différencie clairement l’ancien du nouveau.
  L’ornement « vessie natatoire » souvent rencontré dans les meneaux du gothique tardif est utilisé inversé et en disposition aléatoire dans le motif de la balustrade. Dans ses dimensions, la nouvelle barrière métallique s’appuie à l’ancienne balustrade en molasse mais est exécutée de façon plus rectiligne et de manière plus précise, conformément au matériau.
  Sels et humidité migrants dans les murs ont rendu nécessaire des travaux de conservation des fresques et des peintures à l’intérieur de l’église. Le chauffage a encrassé parois, plafonds et fenêtres qu’il a fallu nettoyer en douceur. Cachés par un lambris sur le mur ouest derrière l’ancien orgue, des restes d’ornements anciens ont été découverts et rendus visibles grâce à des « fenêtres témoins »; des signatures provenant de rénovations antérieures ont été mises à jour.» (2)

Les vitraux de la baie centrale du chœur, datés de 1457, représentent, à gauche, la Passion du Christ, et, à droite, la vie de Saint Benoît, patron de l’église et de la ville. Ces vitraux du XVe s., les plus importants du canton mis à part ceux de la cathédrale de Berne, sont dus à un maître de l’école du Haut-Rhin s’exprimant dans un esprit conservateur; dans les deux fenêtres de droite, une Crucifixion et un saint Georges du même maître; dans celle de gauche, une subtile Annonciation à la Vierge, par un autre maître de la même époque. Compléments de 1901. Tous ont été restaures en 1968-1970 (3).